Sente 6.5の衝撃: 新ノートインターフェイスやシングルコレクションタブなど

Senteが6.5になりました。メジャーアップデートだそうです。今回のアップデートはかなり気合いが入っていて、心くすぐられる新しい機能や地味ながらも着実な改善が随所にみられます。これらの変更点すべてを試したわけではないんですが、新しくなったノート機能やシングルコレクションタブなど、個人的に気に入った機能をいくつか紹介してみます。

ノート機能の新インターフェイス

Senteでは文献に注釈を付けたりマーカー（Highlight）を入れられるノート機能が用意されています。ノート機能の中でもいくつか変更点があるんですが、最も注目すべきはPDFに入れたマーカーの色がノートの色に反映されるようになったことです（下画像）。

New notes interface

今までは、PDF上のマーカーの色は指定できても、対応するノートにマーカーの色が反映されず、ノートの色はすべて同一でした。今回のアップデートでマーカーの色＝ノートの色となったことで、注釈部分を見分けやすくなりました。

また、ノートにマウスオーバーした時に表示される項目（Close, Delete, Copy）に"Source"が加わりました。これをクリックすることで、そのノートがハイライト表示している箇所にジャンプできます。一つのPDFに沢山のノートを書いている場合に便利な機能ですね。

シングルコレクションタブ

6.5から新たに導入されたシングルコレクションタブ（Single collection tabs）は、コレクションをタブで開くための機能です。例えば、以下の画像はModified in the last weekというコレクションをタブで開いたものです。コレクションであればなんでも開けるので、デフォルトで用意されているRecentやBy Statusコレクションだけでなく、自分で作成したスマートコレクションなんかでも使えます。

Single collection tabs

タブで開いた場合、画面左に表示されていたライブラリ表示がなくなるので、スペース的な無駄がなくなり閲覧がより快適になると思います。


その他の注目機能

Senteの公式ブログではmultiple-line reference list viewと紹介されている、リファレンスリストの新しい表示方式。これまで文献情報は一行表示でしたが、今回からは3行表示がスタンダードとなります。3行の内訳は文献名、著者名、その他文献情報となっていて、添付ファイルのサムネイルも左端に表示されます。

Standard View

もちろん、今までの一行表示（グリッドビュー）も選択可能ですが、やはり新しい表示方式のほうが断然見やすいですね。MacBook Airの11インチのように画面サイズに余裕の無いマシンでSenteを動かさないかぎり、グリッドビューとはおさらばです。

Grid View

地味な機能ですが、Macのプリントダイアログへの対応も6.5の新機能です。ダイアログのPDFメニューから、PDFを直接Senteに送ることができるようになりました。

Save PDF to Sente

他にも、Mac OS 10.7のフルスクリーンモードへの対応や、セットアップメニューの改善など、本当に沢山の新機能や改良点があります。Senteには、高機能だけどデザインや操作性が少し野暮ったいというイメージがありましたが、6.5で実にMacらしいソフトに仕上がったんじゃないでしょうか。Macで使える文献管理ソフトはBibdeskやMendeley、Papersなどがありますが、Senteにして良かったと思う今日この頃です。

参考
Sente 6.5.6 Released - The Sente Blog

Sente内の日本語PDFでテキスト選択ができない問題とその対応策

SenteはPDFに注釈を記入することが可能ですが、OCRされたものであれば文章を選択して選択箇所に直接コメントを書き込むことができたり（下図）、引用してコメントを残すことができます。論文の記述箇所と自分のコメントをリンクさせることができるので非常に便利な機能です。しかし、日本語論文の場合は文章を選択できない問題が起こることがしばしば。Senteに入っている論文をPreviewで開くと普通に選択できるのにSente上ではうまくいかないので、Senteの日本語の扱いが問題ですね。

Watson, J. D. & Crick, F. H. C. Molecular structure of nucleic acids. Nature 171, 737-738 (1953).

Senteのサポートフォーラムで同じ問題を質問している方がいましたので、僕の環境だけってことではなさそうです。

Sente Desktop: Compatibility Issue with Japanese PDFs

日本語というか、asian text?については互換性の問題があるみたいですね。着実にアップデートを重ねているSenteですから、しばらくすれば解消されると信じております。

さてさて、そんな状況なのですでに文字認識された論文についてはSenteのアップデートを待つしか無いのですが、これから日本語論文をOCRしてSenteに追加したいと思っている方へ（いるのかな？）、ちょっとした解決策をお教えします。それは、OCRにAdobeのAcrobat Proを使う、たったこれだけです。僕が今までにスキャンした日本語論文はすべてScanSnapに付属のソフトでOCRをかけていましたが、たまたまAcrobatで試したところなぜか問題なくSente上で文字選択が可能となりました。OCRの技術的な知識は皆無なので詳しくはわかりませんが、高いお金を出してAcrobatを買って良かったとしみじみ感じております。

文字認識されていない日本語論文がすでにSente内にある場合でも、一度別の場所にPDFを保存してAcrobatでOCR後にSenteに戻せばOKです。Sente側の問題が解消されるまではひとまずこの方法でしのごうと思います。

環境

Mac OS 10.6.7

Sente 6.2.11

Acrobat Pro 9.4.4

SenteライブラリからBibliographyを書き出す簡単な方法

photo © 2010 Joel Montes de Oca | more info (via: Wylio)


コピペかドラッグ＆ドロップでライブラリから引用文献目録を書き出す
-Sente覚え書き-

引用文献や参考文献として、SenteのライブラリからPagesやWordに論文目録を書き出す最も簡単な方法は、コピペもしくはドラッグ＆ドロップ。ただ、これらの方法で書き出すときのフォーマットはデフォルトではAPA6などに設定されているはず。任意のフォーマット、例えば自分で作成したものに変更するには、コピペとドラッグ＆ドロップそれぞれで設定が必要。

コピー&ペースト
SenteメニューバーのFromatからCopy/Pasteを選択し、一覧表示されるフォーマット名の中から任意のフォーマットを選択する。

ドラッグ&ドロップ
FromatのDrag/DropからDefaultでフォーマットが一覧表示される。同様に任意のフォーマットを選択するだけ。

SenteのBibliography Formatをいじくる

photo © 2007 Kim Mc. | more info (via: Wylio)

引用文献の目録フォーマットをカスタマイズする方法
-Sente覚え書き-

著者名の表記方法とか論文タイトル、年号の入れ方や順番なんかをカスタマイズする。あらかじめ用意されているフォーマットを複製して、自分用にカスタマイズしたものをオリジナルフォーマットとして保存する、という流れが楽ちん。

作業内容
まずは、メニューバーのWindowからBibliography Format Editorを選択。NatureやScienceをはじめとする大量のフォーマットが用意されているけど、適当なフォーマットを選択。画面右側に選択したフォーマットのプレビューが表示される。今回はNatureをもとに編集。フォーマットが大量すぎてゴチャゴチャなので、Show Favorites onlyにチェックを入れとスッキリして見やすくなる。

Nature2がNatureから複製したフォーマット

Natureのフォーマットでは

1.   Smith, J. A., Jones, R. B., Black, A. C. & White, S. D. Fractals in Biological Systems. J Bio Chem 151, 451-458 (1999).

 となっていますが、今回は

Smith, J. A., Jones, R. B., Black, A. C., and White, S. D. (1999) Fractals in Biological System. Journal of Biological Chemistry, 151: 451-458

という形に変更してみる。Natureと違う点は以下の5項目。

1. 論文番号が付かない
2. 最後の著者名の直前が&ではなくand
3. 発行年の位置は著者名の直後
4. 雑誌名を略さず、最後にカンマが付く
5. 巻番号が太字じゃなく、ページ番号とはコロンで区切る

1. 論文番号の除去
というわけで編集作業へ。 まずは論文番号を取り除くためにプレビュー表示されている論文番号をクリック。フォーマット編集画面が開く（下図）。ちなみに、画面右上のShow/Hide Format Editorでも同じ画面を表示させられる。編集画面のElementsの項目でPosition in bibliographyが選択されているはずなので、マイナスボタンを押してこれを削除。

論文番号を選択すると右側にFormat Editiorが表示される

2. &をandへ
次は著者名の表示で&をandに変更。プレビュー上の著者名を選択して、List:からName1, Name2, and Name3 (Name1, and Name2) を選択（下図）。

List: から目的の表示形式を選択

3. 発行年の位置変更
名前の次には雑誌の発行年を表示したいので、プレビュー上の発行年をクリック（下図）。Elementsの左側にあるUpボタンを押してAuthorの下まで移動。

Upボタンを押してDate of publicationの位置を上げる

4. 雑誌名のスタイル変更
次は雑誌名を略さず表示させる。プレビューの雑誌名をクリックして編集画面を表示させ、Use shortened title, if availableのチェックをはずす。と思ったけど、そもそもチェックが入っていない。サンプルとして表示されている論文データでは、略称がそのまま雑誌名として登録されているようなので仕方ない。次は雑誌名の後にカンマを追加させる。Add trailing punctuation character: にチェックを入れて、カンマ追加する（下図）。

略称使用のチェックをはずし、末尾にカンマを追加

5. 巻番号のスタイル変更
最後に巻番号の表示スタイルを変更。巻番号の編集画面でFont:のBoldのチェックをはずし、Add trailing punctuation character: にコロンを追加すれば編集は終了（下図）。

Boldのチェックをはずし、末尾にコロンを追加

あとはフォーマット名を自分の好きなものに変更すればOK。確認をするため、自分のライブラリから適当な論文を選択してWindowメニューからBibliography Previewを開く。発行年と論文タイトルや巻番号とページ番号の間にスペースが表示されていなかった（下図）。発行年の編集画面でAppend:の閉じ括弧)の後ろにスペースを追加、巻番号のAdd trailing punctuation character:のコロンの後にスペースを追加すればOK。

今回作成したフォーマットでの表示例

ほかにも
今回はJournal Articleについての設定だったけど、BookやBook Chapterなどについても同様にフォーマットを設定できる。また、著者名のet al.を表示させる条件や大文字小文字の表示設定など、かなり細かい設定が可能。

Sente Version 6.2.8


公式ユーザーガイド
http://www.thirdstreetsoftware.com/SenteUserManual/6.2/dokuwiki/doku.php?id=introduction_to_the_bibliography_format_editor

Sente, Papers, Mendeley: iOSアプリの比較

僕の知っているかぎり、iPadやiPhone版のアプリが用意されているMac用文献管理ソフトにはSenteとPapers、それにMendeleyの3種類があります。以前このブログでも書いたように僕はSente Reference Manager for iPadを愛用しているわけですが、PapersやMendeleyのiOSアプリとどんな違いがあるのか比較してみました。

iTunesリンク

• Sente Reference Manager for iPad
• Papers
• Mendeley - Reference Manager (Lite)

Sente, Papaers, MendeleyのiOSアプリについて値段や機能などをまとめてみたのが上の表です。SenteにはSente Viewerという閲覧のみのアプリもありますが、ここでは除外しました。表の内容は2011年01月19日現在の情報であること、PapersやMendeleyについてはiOSアプリを所有していないので情報が不確かなことにご注意ください。

Sente

さてさて、各項目を比較してみてまず感じるのは、Sente Reference Manager for iPadの優秀さです。複数ライブラリを扱えることや新規にライブラリを作成できるなど、Mac用のSenteと比較しても遜色ない機能が搭載されています。PDFへの注釈やハイライト、ノートがMacとiPad間で双方向に同期されることも大きな特徴です。価格が高いこととiPhoneで使えないことが難点ですが、僕としては十分満足のいくアプリです。

過去記事

• Macの論文管理 -BibDeskに別れをつげ、Sente6を使う-
• Macの論文管理 -Sente for iPadがi文庫を追い出した
• Sente for iPadが遂に正式リリース

Papers

お次はPapersについて。こちらも少々高額なアプリですが、Senteと同様にほとんどのことができちゃいます。iPhoneでも使えることや、見た目の美しさなんかはSenteより秀でてるんじゃないでしょうか。ただ、現状では注釈がMacのPapersへ同期されない問題があるようです（MacからiOSへは問題ない？）。アップデートで修正されるでしょうから期待して待ちましょう。また、ハイライトや注釈の追加はiPadからのみのようです。

参考リンク

• [iPad, iPhone] Papers: 論文管理ツールの至宝がアプリに。充実の機能は一見の価値あり。3051
• 文献管理ソフトのPapers for iPhone　が素晴らしい

Mendeley

最後はMendeley - Reference Manager (Lite)。名前の示す通り、同期したライブラリ＆PDFを閲覧するだけのアプリのようです。無料で使えること、iPhoneでもiPadでも使えることがウリですが、注釈を加えたり新規にリファレンスを追加することはできません。今後フル機能版がリリースされるようですから、Mendeleyユーザの人はもうしばらくの我慢です。

参考リンク

• [iPad, iPhone] Mendeley – Reference Manager (Lite): 最高の論文管理ツールがやってきました。無料。2976
• [Mendeley]Mendeley の iPhone app ｷﾀ━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━ !!!

まとめ

どのアプリも、ライブラリ及び論文のPDFファイルをデスクトップ版のソフトウェアから参照することが可能です。しかし、Mendeleyについてはアプリ側で注釈やハイライトを入れたり、それをデスクトップ版と同期することはできません。また、Papersは注釈の同期や追加に多少の制限があります。比較項目はSenteのアプリをもとにしているのでSenteに有利な設定になっているかもしれませんが、結論としてSenteが最も多機能なんじゃないでしょうか。もちろん、自分の使っているデスクトップ版ソフトと同じアプリを使うのにこしたことはないんですが。

Sente for iPadが遂に正式リリース

Sente for iPad（App StoreではSente Reference Manager for iPad）を購入してから1週間が立ちました（過去記事）。その間何故かApp Store上から忽然と姿を消し、公式サイトからのアナウンスもありませんでした。が、本日遂に正式リリースされた模様です（ver. 1.0.6）。僕のは1.0.4だから少しバージョンアップしているみたい。まあアップデートで最新版に更新できたので一安心です。とにかく、無事リリースされたことが嬉しいですね。日本での価格は2,300円です。

公式ブログに、主要機能の解説記事がリストアップされていました。

• Synchronizing Libraries across Multiple Devices
• Reading and Annotating PDFs on the iPad
• Note Taking
• Acquiring References using Targeted Browsing
• Other Quick Ways to Add References to a Library
• Using Multiple Libraries on a Single iPad
• Downloading Attachments on Demand
• Email References and PDFs
• Importing Data from Other Reference Managers using Sente desktop 6.2

iPad上で新規にライブラリを作ることもできるし、Web of ScienceやPubMedをブラウジングしてPDFを含めた論文データを取り込むこともできます。やっぱり専用ソフトは便利ですね。

Macの論文管理 -Sente for iPadがi文庫を追い出した

僕がMacでの論文管理をBibDeskからSenteに変えた本当の理由がこれ、Sente for iPadです。

とりあえず、簡単な紹介動画を作ってみたのでご覧ください。

Sente for iPad from momo on Vimeo.

デスクトップ版Senteとの同期はもちろん、文献情報の編集、PDFの閲覧・コメント・ハイライトの追加、新規文献の追加等、デスクトップ版と機能的にはほとんど差がありません。むしろ、複数ライブラリへのアクセスや、レート・タグを付ける場合なんかはiPad版の方が使い易いほどです。ほんと、Senteにしてよかった。今まで論文を読むためにi文庫を使ってきましたが、お役御免です。ありがとうございました。

ところで、公式サイトではSente for iPadのリリースについて未だComing Soon!となっています（2010/12/12現在）。ではなぜ僕がこのアプリを持っているかというと、実は僕もよくわかりません。たまたまApp Storeに行ったらリリースされていたんですが、公式サイトでのアナウンスは無く、さらに日本のApp Storeでしか発売されていない模様。不審に思いながらも購入した数日後、Sente for iPadはApp Storeから消えていました。何が起きているのか、まったく分かりません。とりあえず、末永く大事に使わせていただきます。

気になる方は閲覧のみの無料版、Sente Viewerでお試しあれ。

Macの論文管理 -BibDeskに別れをつげ、Sente6を使う-

もう何年も使ってきたBibDeskですが、ついにお別れする日やってきたようです。。。新たな相棒はSenteになりました!!

BibDeskはBibTexフォーマットに対応した無料で使える論文管理ソフト。動作も軽快で、必要十分な機能を持っていると思います。そんな僕が有料アプリであるSenteに乗り換えた理由の1つは文献の検索&取り込み力。これがもうすごいのなんのって。

Senteで外部ライブラリから論文検索する場合、あらかじめ大量に用意されたオンラインライブラリを参照することが可能です。Web of ScienceやPubMed、Google Scholarなんかはもちろん、AmazonやGoogle Booksにまで対応してくれてるので、論文だけじゃなく本を探すこともできちゃいます。見つからない論文を探すほうが大変かもしれません。

しかも、検索結果に表示されている文献は自動認識されて文献名の横に赤丸のImportボタンが表示されます。これをクリックすると、あっという間に自分のライブラリへコピーすることができちゃうのです。いや、まったく素晴らしい！今まではデータベースからBibTexのファイルをダウンロードして自分のライブラリに読み込むといった一連の作業が必要でしたが、Senteならこれが1クリックで終了するわけです。これは嬉しい機能です。さらに、文献のPDFファイルを取り込む場合もこれまた簡単。文献検索画面に表示されているPDFのリンクをクリックすると "Download and Import" という表示が現れます。これを選択すると、ライブラリ中の対応する文献に自動的にPDFを取り込んでくれます。なんて便利な世の中になったんでしょう。

便利機能は他にも数えきれないほどありますが、ここには書ききれません。
詳しく知りたい人は公式サイトの動画をご覧ください。

BibDeskと違ってSharewareですが、MacユーザーでiPadユーザーなら買って損は無いでしょう！だってiPadアプリもあるんだもん。